El Programa de la Maestría en Nutrición Pública (MNP) fue creado en diciembre del 2000, con el objetivo de formar graduados de excelencia a nivel internacional en el área de Nutrición Pública, con énfasis para países de la Región Andina. Inicialmente contó con el valioso soporte de la Cooperación Alemana al Desarrollo (GTZ), entidad con experiencia exitosa en actividades similares en otras regiones del mundo.

Además, se cuenta con el apoyo de otras entidades nacionales e internacionales, como la FAO, el Centro Nacional de Nutrición y Alimentación (CENAN), y el Instituto de Investigación Nutricional (IIN).

En octubre del 2001, mediante Resolución N° 555-2001, se creó el Instituto de Seguridad Alimentaria Nutricional (ISAN), al que este Programa se encuentra adscrito. El ISAN tiene como finalidad contribuir a la solución de problemas de Seguridad Alimentaria y reducir la pobreza en los países andinos.