Son definidas por el cuerpo de docentes adscritos al programa. Estas señalan la posibilidad de dar asesoría en los temas de tesis en relación a la experiencia acumulada y el soporte que requiere el doctorando. A continuación se presentan las líneas de investigación del programa alineadas a las líneas de investigación de la Facultad de Economía y Planificación (FEP).

1. Economía de la innovación agrícola, desarrollo rural y seguridad alimentaria

• Agricultura sostenible, seguridad alimentaria, política pública, desarrollo rural y cambio socioeconómico.
• Economía agraria, innovación de la dinámica productiva, socioeconómica e institucional; gobernanza y poder.

2. Economía ambiental de los recursos naturales y del cambio climático

• Economía de los recursos naturales.
• Economía del cambio climático; gestión del riesgo de desastres.
• Economía ambiental, impactos ambientales del crecimiento económico, instrumentos de política ambiental.
• Economía ecológica, retribución por servicios ecosistémicos y conflictos ambientales.
• Economía institucional de recursos naturales.
• Valoración económica de servicios ecosistémicos, la biodiversidad e impactos ambientales. 

3. La economía del crecimiento y el desarrollo

• Economía del crecimiento sustentable. Descentralización y economía regional.