(De los cuales el alumno escogerá como mínimo 25 créditos para MS o 31 créditos para MP).
| Código | Cursos | Créditos |
| AL6033 | Análisis de Alimentos por Instrumentación | (2 – 2 – 3) |
| AL7011 | Métodos Matemáticos para Ingeniería de Alimentos | (3 – 2 – 4) |
| AL7036 | Métodos Estadísticos para la Investigación en Tecnología de Alimentos | (3 – 2 – 4) |
| AL7027 | Química de Alimentos Avanzada | (3 – 2 – 4) |
| AL7001 | Aditivos en la Industria de Alimentos | (2 – 2 – 3) |
| AL7004 | Análisis Sensorial de Alimentos | (1 – 2 – 2) |
| AL7005 | Bioquímica de Alimentos | (3 – 2 – 4) |
| AL7006 | Biotecnología y Bioingeniería Agroindustrial | (3 – 2 – 4) |
| AL7007 | Evaluación del Tratamiento Térmico de Alimentos | (2 – 3 – 3) |
| AL7008 | Higiene y Saneamiento en la Industria de Alimentos | (2 – 3 – 3) |
| AL7033 | Vida en Anaquel de Alimentos | (2 – 3 – 3) |
| AL6003 | Introducción a la Ciencia de los Alimentos Funcionales | (2 – 0 – 2) |
| AL7009 | Ingeniería de Alimentos Avanzada | (3 – 2 – 4) |
| AL7002 | Administración de la Calidad Total | (2 – 2 – 3) |
| AL7034 | Secado de Productos Agropecuarios | (2 – 2 – 3) |
| AL7037 | Simulación en la Industria Alimentaria | (3 – 2 – 4) |
| AL7000 | Control y Automatización de Procesos Agroindustriales | (3 – 2 – 4) |
| AL7019 | Toxicología de Alimentos | (2 – 2 – 3) |
