Artículo 161o.- Son causas de vacancia del Rectorado o Vicerrectorado:
a) La renuncia una vez aceptada por la Asamblea Universitaria, para lo cual el Rector presenta su renuncia ante ella en carta dirigida al Vicerrector Académico, o quien haga sus veces, por lo menos con 30 días de anticipación a la fecha de efectivización de la misma, período dentro del cual debe convocar el Rector a una Asamblea Extraordinaria, en la cual la Asamblea se pronunciará sobre dicha renuncia.
b) El impedimento físico o mental permanente que inhabilite para el desempeño de sus labores, comprobado mediante certificado médico a solicitud del Rector o Vicerrector o de los dos tercios de los miembros hábiles de la Asamblea Universitaria.
c) El abandono notorio y prolongado se sus labores; por acuerdo de los dos tercios de los miembros hábiles en sesión del Consejo Universitario, o del 50% de la Asamblea Universitaria, se abrirá un proceso administrativo que será llevado a cabo por una comisión integrada por los 5 profesores principales más antiguos de la Universidad, quienes se pronunciarán dentro de los 15 días de tomado el acuerdo.
d) El uso de licencia por más de tres meses continuados.
e) La comisión de flagrante delito o la condena por delito doloso se procesa en forma similar a lo indicado en el Inc. c) del presente artículo.

Artículo 1640.- En caso de vacancias simultáneas del Rectorado y Vicerrectorado, el Profesor Principal con Grado Académico Avanzado (Dr. o M.S.), más antiguo en la Institución y miembro de la Asamblea, asume el Rectorado y convoca a la elección del Rector y Vicerrectores dentro de treinta (30) días. A falta de quórum, se procederá a sucesivas citaciones hasta alcanzarlo, para lo cual no se requerirá el plazo de diez (10) días de anticipación para las convocatorias y las elecciones correspondientes (modificado Res. 020/UNA-AU)

Artículo 1650.- En caso de vacancia de un Vicerrectorado por un período mayor de seis meses, el Rector o quien haga sus veces, convoca a la Asamblea Universitaria para una nueva elección dentro de los treinta (30) días siguientes de producida aquella por el tiempo que falte para la conclusión del período; si no cumple con hacerlo, éste o el otro Vicerrector, lo hará el Profesor Principal con grado académico avanzado y mas antiguo en la Institución, miembro de la Asamblea. A falta de quórum se procederá a sucesivas citaciones hasta alcanzarlo, para lo cual no se requerirá del plazo de diez (10) días de anticipación para las convocatorias y las elecciones correspondientes. La elección se llevará a cabo de conformidad con lo establecido en el Artículo 131 del presente Reglamento General. (modificado Res. 020/UNA-AU)

Artículo 1660.- El Rector elegido toma posesión de su cargo ante la Asamblea Universitaria inmediatamente después de la elección, para lo cual prestará el juramento de estilo ante el Rector saliente o ante quien haga sus veces, imponiéndosele a la vez la Medalla Académica Dorada.