La Oficina de Gestión Ambiental es una oficina adscrita al Rectorado, conformada por las áreas de Fiscalización, Cultura Ambiental, Ecoeficiencia y Residuos Sólidos. Busca implementar efectiva y eficientemente el sistema de gestión ambiental, enfocado en los componentes ambientales dentro del campus universitario.

Dentro de sus funciones está la de asesorar al Rectorado en los temas ambientales. Ejecuta el programa Agraria Sostenible cuyo objetivo es introducir el concepto de sostenibilidad en todos los niveles de la administración de la UNALM. involucrando a toda la comunidad molinera en el camino a construir una Universidad afianzada en el cuidado del ambiente.

Gracias a las iniciativas desarrolladas, la UNALM ha recibido el Premio Nacional Ambiental Antonio Brack Egg, máximo reconocimiento que el Estado Peruano otorga a quienes contribuyen con la protección ambiental, el manejo sostenible de los recursos naturales y la conservación del ambiente. En esta misma línea, la UNALM ha sido reconocida por el MINAM como una Institución Pública Ecoeficiente Modelo.